L’histoire de Saint-Rhémy-en-Bosses est étroitement liée aux événements qui se sont succédé au col du Grand-Saint-Bernard depuis l’époque protohistorique, quand la Vallée d’Aoste était habitée par les Salasses. Ce peuple occupait le territoire correspondant à l’actuel versant italien du Summus Pœninus. La Vallis Pœnina (aujourd’hui le Valais) appartenait aux Véragres, qui étaient implantés juste en dessous de l’Alpis Pœnina et avaient fondé là leur ville principale, Octodurus (Martigny).
Il est désormais certain qu’à l’époque néolithique, entre 3000 et 2500 av. J.-C., les hommes s’installèrent en divers endroits de la Vallée d’Aoste, suite à la fonte des glaciers. Cela est attesté par les traces de sépultures découvertes près de La Salle, de Saint-Nicolas et de Monjovet. Il s’agissait probablement de paysans primitifs pour lesquels la route franchissant le col de l’Alpis Pœnina constituait une voie de communication, leur permettant d’échanger différents biens et objets avec les habitants du Valais. Les haches en pierre verte (jadéite) remontant à cette époque et d’origine certainement valdôtaine qui ont été mises au jour dans le Valais en sont la preuve.
Les fouilles effectuées en 1842 pour la construction du presbytère de Saint-Rhémy ont permis de découvrir des rangées de squelettes, aux pieds tournés vers le sud et datant probablement de l’époque néolithique, recouverts de restes de sépultures romaines de l’époque impériale. Ces vestiges démontrent que le territoire était déjà habité à une époque très ancienne et qu’il constituait une zone de passage dès l’âge du bronze.
Initialement, la route qui mène au col n’était autre qu’un sentier raide, une piste assez primitive qui suivait les caractéristiques naturelles du terrain et ne comportait aucun aménagement, ni modification par la main de l’homme. À cause des difficultés inhérentes au parcours, des points d’arrêt pour les voyageurs avaient probablement été aménagés le long de la route. Ces structures devaient être situées aux environs des zones où les Romains ont aménagé lesétapes de la route impériale reliant Augusta Prætoria à Lugdunum.
De nombreuses découvertes archéologiques confirment la fréquence des passages par le col : différents objets ont été retrouvés, tels qu’un fragment de rasoir en bronze et une fibule serpentiforme, mais surtout des pièces de monnaie, déposées aux pieds de l’autel du dieu Pen par les voyageurs qui souhaitaient obtenir sa protection afin d’achever leur périple sans problèmes.