Il comune di Saint-Rhémy-en-Bosses occupa un ampio territorio posto sul versante italiano delle Alpi Pennine, la cui denominazione trae origine dal dio celtico Penn, onorato dal popolo dei Salassi che anticamente si insediarono in queste valli. Al culto di Penn era destinato infatti il santuario celtico eretto presso il valico del Gran San Bernardo, luogo di transito molto trafficato sin da epoche remote.
La linea di confine che separa il territorio del Comune da quello dei Comuni limitrofi e dalla Svizzera rispecchia la naturale conformazione orografica e, specie lungo la frontiera, ripercorre lo spartiacque alpino.
Partendo da nord, presso l’Ospizio del Gran San Bernardo, il confine si abbassa verso il Mont Mort (m 2867), si dirige verso la Costa di Barasson e la segue fino a raggiungere il Plan Puitz, da cui scende precipitosamente verso il torrente Artanavaz per immettersi nella Valle di Flassin, seguendo l’alveo del torrente fino a quota 1628 m. Da lì risale lungo i ripidi pendii che portano al Monte Fallère (m 3061), prosegue verso la Punta Valletta, la Testa di Serena (m 2830), scende al Col Serena (m 2547) per poi riprendere quota a nord fino al Colle Malatrà (m 2928). Ascende poi verso Bella Comba (quota 3084) per raggiungere il confine svizzero al Gran Goillà ( quota 3238) e seguirlo lungo lo spartiacque che raggiunge il Monte Dronaz ( m 2951), da dove scende poco a valle dell’ospizio (quota 2473).
La struttura geologica fondamentale della zona è costituita da una catena di gneiss e micascisti risalenti al Petrassico con qualche zona di anfiboliti; questa formazione parte con una fascia dal Mont Velan fino al Gran San Bernardo e al Monte Dronaz, scende fino al Monte Flassin ed al Mont Fallère e costituisce l’ossatura principale su cui sorgono altre formazioni. Più precisamente, ad ovest esiste un’estesa distribuzione di calcescisti e filladi che dal Gran Goillà raggiunge tutta la valle dell’Artanavaz. Tra queste due formazioni, quasi a dividerle, sorgono tra il Monte Dronaz, il Col Serena e il Monte Flassin dei conglomerati di puddinghe e anageniti. In superficie, ai piedi delle zone montuose, si trovano numerosi detriti di falda denominati clapey, mentre più in basso ancora, ai lati dei vari torrenti, si notano depositi morenici risalenti al Quaternario.