La dénomination actuelle de la commune dérive de l’union de deux toponymes, Saint-Rhémy et Bosses, qui désignaient initialement deux communes distinctes.

Le premier se référait au territoire entourant l’ancienne agglomération romaine d’Eudracinum, située le long de la route qui reliait Aoste à Martigny. Au cours du haut Moyen-Âge, le nom du bourg a été changé en Saint-Rhémy en signe de dévotion envers saint Rémi, archevêque de Reims de la fin du Ve au début du VIe siècle ap. J.-C.
L’agglomération de Bosses a surgi sur le site où le Romain Baucius avait construit sa villa ou domus. L’on retrouve la trace du nom original dans la dénomination médiévale « Bocza », qui a donné par la suite « Bosses ».

Par son décret du 30 janvier 1782, le roi de Sardaigne Victor-Amédée III supprima la commune de Bosses et la réunit à la commune de Saint-Rhémy, créant ainsi le toponyme qui est encore utilisé actuellement.

Au cours de la période fasciste, le nom de cette localité fut italianisé en San Remigio, appellation qui en gommait la deuxième partie. Lorsque le nom français des communes valdôtaines fut rétabli en 1945, la dénomination italienne fut convertie littéralement en « Saint-Rémi ». Durant la période d’incertitude qui suivit, les noms « Saint-Rémi », « Saint-Rhémy-Bosses », « Bosses » et « Saint-Rhémy » furent utilisés tour à tour, aussi bien dans l’usage quotidien que dans les actes officiels. Le référendum consultatif du 26 mai 1991 donna à la population locale la possibilité de s’exprimer directement au sujet du rétablissement de la dénomination originale de sa commune. Enfin, l’article unique de la loi régionale n° 27 du 30 juillet 1991 a établi que le nom officiel de cette commune est bien « Saint-Rhémy-en-Bosses », rétablissant ainsi la dénomination adoptée deux siècles auparavant.