L’attuale denominazione del Comune deriva dall’unione di due toponimi, Saint-Rhémy e Bosses, utilizzati originariamente per identificare comuni distinti.

Il primo designava il territorio circostante l’antico insediamento romano di Eudracinum, sorto lungo la strada che da Aosta conduceva a Martigny. Durante l’Alto Medioevo il nome del borgo fu mutato in Saint-Rhémy in segno di devozione verso San Remigio, arcivescovo di Reims vissuto a cavallo tra il V e il VI secolo d.C.
L’abitato di Bosses si sviluppò invece in corrispondenza del sito in cui il romano Baucius aveva edificato la sua villa o domus; tracce del nome originario riecheggiano nel medioevale Bocza, evolutosi in seguito nell’odierno Bosses.

Con un Regio Decreto risalente al 30 gennaio 1782, l’allora Re di Sardegna Vittorio Amedeo III abolì il comune di Bosses, aggregandolo a quello di Saint-Rhémy e dando pertanto origine al toponimo ancor oggi vigente.

Durante il periodo fascista il nome della località fu italianizzato in San Remigio, omettendo di tradurne la seconda parte, tanto che quando la denominazione francese dei Comuni valdostani fu ripristinata nel 1945 il nome italiano fu convertito alla lettera in Saint Rémi. Seguì un periodo di relativa incertezza in cui i nomi Saint Rémi, Saint-Rhémy-Bosses, Bosses e Saint-Rhémy si alternarono tanto nell’uso comune quanto nei documenti ufficiali finché la popolazione locale fu chiamata ad esprimersi direttamente riguardo al ripristino dell’originaria denominazione del proprio comune attraverso un referendum consultivo indetto il 26 maggio 1991. Infine, la legge regionale n° 27 del 30 luglio 1991 decretò nel suo unico articolo che il nome ufficiale fosse riconvertito in Saint-Rhémy-en-Bosses, ritornando così alla forma originaria sancita più di due secoli prima.